Origen del Coronavirus SARS-CoV-2

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Las primeras infecciones conocidas de la cepa SARS-CoV-2 se descubrieron en Wuhan, China.  La fuente original de transmisión viral a los humanos sigue sin estar clara, al igual que si la cepa se volvió patógena antes o después del evento de contagio . Debido a que muchos de los primeros individuos infectados por el virus eran trabajadores del mercado de mariscos de Huanan , se ha sugerido que la cepa podría haberse originado en el mercado. Sin embargo, otra investigación indica que los visitantes pueden haber introducido el virus en el mercado, lo que facilitó la rápida expansión de las infecciones. Un análisis de la red filogenética de 160 genomas tempranos de coronavirus muestreados de diciembre de 2019 a febrero de 2020 reveló que el tipo de virus más estrechamente relacionado con el coronavirus de murciélago era más abundante en Guangdong , China, y designado como tipo «A». El tipo predominante entre las muestras de Wuhan, «B», está más distantemente relacionado con el coronavirus del murciélago que el tipo ancestral «A».

La investigación sobre el reservorio natural de la cepa del virus que causó el brote de SARS 2002–2004 ha resultado en el descubrimiento de muchos coronavirus de murciélago similares al SARS , la mayoría de los cuales se originan en el género Rhinolophus de murciélagos herradura . El análisis filogenético indica que las muestras tomadas de Rhinolophus sinicus muestran un parecido del 80% con el SARS-CoV-2. El análisis filogenético también indica que un virus de Rhinolophus affinis , recolectado en la provincia de Yunnan y designado RaTG13, tiene una semejanza del 96% con el SARS-CoV-2.

Las muestras tomadas de Rhinolophus sinicus , una especie de murciélagos de herradura , muestran un 80% de semejanza con el SARS-CoV-2.

Los murciélagos se consideraron inicialmente como el reservorio natural más probable de SARS-CoV-2, lo que significa que albergan el virus durante largos períodos de tiempo sin efectos patógenos. Con respecto a la fuente animal de infección en humanos, las diferencias entre el coronavirus de murciélago muestreado en ese momento y el SARS-CoV-2 sugirieron que los humanos se infectaron a través de un huésped intermedio. Arinjay Banerjee, virólogo de la Universidad McMaster , señala que «el virus del SARS compartió el 99.8% de su genoma con un coronavirus de la civeta , razón por la cual las civetas se consideraron la fuente». Aunque los estudios habían sugerido algunos posibles candidatos, el número y las identidades de los hospedadores intermedios siguen siendo inciertos. Casi la mitad del genoma de la cepa tenía un linaje filogenético distinto de los parientes conocidos.

El coronavirus pangolín tiene hasta un 92% de semejanza con el SARS-CoV-2.

Un estudio filogenético publicado en 2020 indica que las pangolinas son un reservorio de coronavirus similares al SARS-CoV-2. Sin embargo, no hay evidencia directa para vincular a los pangolines como un huésped intermedio de SARS-CoV-2 en este momento. Si bien existe un consenso científico de que los murciélagos son la fuente principal de coronavirus, se presume que un coronavirus similar al SARS-CoV-2 se originó en pangolines, saltó de nuevo a los murciélagos y luego saltó a los humanos, lo que resultó en SARS-CoV-2. Según la similitud de la secuencia del genoma completo, se descubrió que una cepa candidata a coronavirus de pangolín era menos similar que RaTG13, pero más similar que otros coronavirus de murciélago a SARS-CoV-2. Por lo tanto, basado en la parsimonia máxima, es más probable que una población específica de murciélagos haya transmitido directamente el SARS-CoV-2 a los humanos que un pangolín, mientras que un antepasado evolutivo de los murciélagos fue la fuente de los coronavirus generales.

Un estudio de metagenómica publicado en 2019 había revelado previamente que el SARS-CoV, la cepa del virus que causa el SARS, era el coronavirus más ampliamente distribuido entre una muestra de pangolines Sunda .  El 7 de febrero de 2020, la Universidad Agrícola del Sur de China en Guangzhou anunció que los investigadores descubrieron una muestra de pangolín con un coronavirus particular: una única secuencia de ácido nucleico del virus era «99% similar» a la de un ARN de SARS que codifica proteínas -CoV-2.

Los autores afirman que «el dominio de unión al receptor de la proteína S que se une alreceptor de la superficie celular durante la infección del recientemente descubierto Pangolin-CoV es prácticamente idéntico al de 2019-nCoV, con una diferencia de aminoácidos «.  Los microbiólogos y genetistas en Texas han encontrado de forma independiente evidencia de reordenamiento en coronavirus que sugiere la participación de pangolinas. en el origen del SARS-CoV-2.  La mayoría del ARN viral está relacionado con una variación de coronavirus de murciélago. Sin embargo, la proteína espiga parece ser una excepción notable, posiblemente adquirida a través de un evento de recombinación más reciente con un coronavirus de pangolín.  Análisis estructural del dominio de unión al receptor (RBD) y humano.

El complejo de la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2) reveló mutaciones clave en la RBD, como F486 y N501, que forman contactos con ACE2.  Estos residuos se encuentran en el coronavirus pangolín.

Los pangolines están protegidos por la ley china, pero su caza furtiva y comercio para su uso en la medicina tradicional china sigue siendo común en el mercado negro .  La deforestación , la cría de vida silvestre y el comercio en condiciones insalubres aumentan el riesgo de nuevas enfermedades zoonóticas, advirtieron expertos en biodiversidad.

Es poco probable que el SARS-CoV-2 haya sido modificado genéticamente . Según las simulaciones computacionales sobre el plegamiento de proteínas , la RBD de la proteína espiga del SARS-CoV-2 debería tener una afinidad de unión sin complicaciones. En realidad, sin embargo, tiene una unión muy eficiente al receptor ACE2 humano. Para exponer el RBD a la fusión, las proteinasas de furina primero deben escindir la proteína S. Las proteinasas de furina son abundantes en el tracto respiratorio y las células epiteliales pulmonares. Además, la columna vertebral del virus no se parece a ninguna descrita previamente en la literatura científica utilizada para la modificación genética. La posibilidad de que el virus haya obtenido las adaptaciones necesarias a través del cultivo celular. En un entorno de laboratorio, los científicos afirman que «la generación de los glicanos ligados a O pronosticados … sugiere la participación de un sistema inmunitario




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